La FRMP de Castilla y León posee la siguiente estructura organizativa:

- Asamblea General: Órgano soberano de la Federación, compuesta por todos los socios y que se celebra ordinariamente cada dos años.

- Consejo Regional: Es un órgano creado para velar por el cumplimiento de los fines estatutarios; Aprobar el Reglamento de Régimen Interior y el de la Asamblea; Decidir sobre aquellos asuntos que por su urgencia o por su especial interés no puedan ser presentados a la Asamblea general, dando cuenta a la misma cuando esta se celebre.

- Comisión Ejecutiva: Órgano de dirección y gestión, compuesto por 34 miembros: Presidente, 4 Vicepresidentes, Secretario General y 28 Vocales. Se reúne cada tres meses.

- Comisión de Gobierno: Corresponde a la Comisión de Gobierno, entres otras funciones: La asistencia al Presidente en el ejercicio de su funciones; Proponer a la Comisión Ejecutiva la modificación y aprobación de las cuotas; Aprobación de los nombramientos de representantes de la FRMPCyL en los distintos órganos de la Comunidad Autónoma o de las Provincias.

- Comisiones de Trabajo: No se constituyen como órganos de gobierno; Su función se centra en la elaboración de estudios y programas sectoriales en beneficio de la Autonomía Local.

Comisiones Internas aprobadas por la Comisión Ejecutiva, celebrada el 14 de Marzo de 2012  en Burgos:

1.      Comisión del Pacto Territorial

2.      Comisión de Diputaciones

3.      Comisión del Área Local

4.      Comisión de Haciendas Locales

5.      Comisión de educación, Cultura y turismo

6.      Comisión de Sanidad, Familia e Igualdad de Oportunidades

7.      Comisión de Fomento, Urbanismo y Medio Ambiente

8.      Comisión de Economía y Empleo

9.      Comisión de Agricultura y Ganadería