La FRMP de Castilla y León posee la siguiente estructura organizativa:

- Asamblea General: Órgano soberano de la Federación, compuesta por todos los socios y que se celebra ordinariamente cada dos años.

- Consejo Regional: Es un órgano creado para velar por el cumplimiento de los fines estatutarios; Aprobar el Reglamento de Régimen Interior y el de la Asamblea; Decidir sobre aquellos asuntos que por su urgencia o por su especial interés no puedan ser presentados a la Asamblea general, dando cuenta a la misma cuando esta se celebre.

- Comisión Ejecutiva: Órgano de dirección y gestión, compuesto por 34 miembros: Presidente, 4 Vicepresidentes, Secretario General y 28 Vocales. Se reúne cada tres meses.

- Comisión de Gobierno: Corresponde a la Comisión de Gobierno, entres otras funciones: La asistencia al Presidente en el ejercicio de su funciones; Proponer a la Comisión Ejecutiva la modificación y aprobación de las cuotas; Aprobación de los nombramientos de representantes de la FRMPCyL en los distintos órganos de la Comunidad Autónoma o de las Provincias.

- Comisiones de Trabajo: No se constituyen como órganos de gobierno; Su función se centra en la elaboración de estudios y programas sectoriales en beneficio de la Autonomía Local.

Cada una de estas Comisiones está compuesta por quince miembros designados por los respectivos grupos políticos, a excepción de la Comisión del Pacto Local que está integrada por 6 miembros con voz y voto y otros 3 designados por los grupos minoritarios con voz, pero sin voto.

Comisiones Internas aprobadas por la Comisión Ejecutiva, celebrada el 12 de Marzo de 2008 en Valladolid:

1.- COMISION DEL PACTO LOCAL
2.- COMISION DE MODERNIZACION Y CALIDAD EN LOS SERVICIOS
3.- CONSEJO ASESOR DE FORMACION
4.- COMISION DE DIPUTACIONES
5.- COMISION DEL AREA LOCAL
6.- COMISION DE HACIENDAS LOCALES
7.- COMISION DE EDUCACION, CULTURA Y TURISMO
8.- COMISION DE SANIDAD, FAMILIA E IGUALDAD DE OPORTUNIDADES
9.- COMISION DE FOMENTO, URBANISMO Y MEDIO AMBIENTE
10.- COMISION DE ECONOMIA Y EMPLEO
11.- COMISION DE AGRICULTURA Y GANADERIA